Naast deze gevolgen voor kinderen, bleek ook dat regels binnen de zorgstructuur vaak erg ingewikkeld zijn. Hierdoor duren te doorlopen (indicatie) processen vaak te lang om goed onderwijs tijdig te kunnen leveren.
Genoemde knelpunten signaleerde de minister van Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen in 2005 in de notitie ‘vernieuwing van zorgstructuren in het funderend onderwijs’. In deze notitie stond ook nog dat de bekostiging van onderwijs voor zorgleerlingen te complex was en vaak onduidelijk bleef wie waar precies verantwoordelijkheid voor droeg. Ook bleek dat het aantal leerlingen met een indicatie voor het (voortgezet) speciaal onderwijs en leerlinggebonden financiering sterk steeg. Kortom, het werd ook nog eens te duur. Reden genoeg voor het toenmalige kabinet om een nieuwe zorgstructuur te bewerkstelligen die Passend Onderwijs mogelijk maakte.
Heeft Passend Onderwijs deze problemen opgelost? Daarover verschillen de meningen. Het succes van Passend Onderwijs is matig te noemen. Er zijn nog steeds heel veel kinderen die thuiszitten omdat er geen plek voor hen in het onderwijs is te vinden. De regelgeving past niet goed bij de praktijk en bijkomende problemen zoals het toenemende lerarentekort zorgen ervoor dat het onderwijs Passend Onderwijs als een te grote last beschouwd. Men verwijt het Ministerie van Onderwijs ook dat men te ambtelijk/te weinig invoelend omging met de problemen waar het onderwijs voor staat.