Een belangrijk kenmerk van het Nederlandse onderwijsstelsel is de vrijheid van onderwijs. Die vrijheid doet recht aan de veelkleurigheid van de Nederlandse samenleving. Het grootste onderscheid daarin is dat ouders kunnen kiezen voor een openbare school of een bijzondere school. Een openbare school wordt bestuurd door of namens een overheidsorgaan, voornamelijk een gemeente. Een bijzondere school komt tot stand via particulier initiatief. Bijzondere scholen worden bestuurd door burgers, voornamelijk ouders.
Christelijke scholen vallen onder het bijzonder onderwijs. Een bijzondere school kan bij voldoende leerlingen door ouders gesticht worden op grond van godsdienstige, levensbeschouwelijke of onderwijspedagogische uitgangspunten. Zij kiezen zelf een schoolbestuur.

Hoewel onder het begrip christelijk zowel protestants als rooms-katholiek vallen worden met christelijke scholen veelal de protestantse- of algemeen christelijk scholen aangeduid. Rooms-katholieke scholen worden in de volksmond simpelweg katholieke scholen genoemd. Zowel bij het protestants, algemeen christelijk als katholiek onderwijs is de christelijke geloofstraditie het richtsnoer voor de levenbeschouwelijke vorming. De praktijk van het alledaagse onderwijs wijst uit dat er binnen de richtingen op verschillende manieren met de godsdienstige oriëntaties wordt omgegaan.

Er zijn scholen die zich baseren op bepaalde onderwijspedagogische uitgangspunten zoals Montessori, Dalton, Vrije School of Jenaplan. Dit kunnen zowel openbare als bijzondere scholen zijn. Vrije scholen (antroposofisch) en Dalton zijn scholen die vrijwel altijd bijzonder neutraal zijn. Men noemt scholen bijzonder neutraal als ze niet door de overheid worden bestuurd en niet zijn gebaseerd op een levensbeschouwing. Jenaplan en Montessori scholen komen voor in het hele onderwijs.

Als scholen voor bijzonder onderwijs uitgaan van een vereniging kunnen ouders daar lid van worden. Via hun lidmaatschap hebben zij een stem in de vereniging en kunnen zij het beleid van de school mede bepalen. Ouders kunnen gekozen worden in het bestuur van zo’n school en op die manier rechtstreeks invloed uitoefenen. Ook als een school uitgaat van een stichting zitten er vaak ouders in het bestuur. Verder kunnen ouders zich via de medezeggenschapsraad (MR) laten vertegenwoordigen en zelf meepraten en -beslissen door deelname in de MR.

Let op: bijzonder onderwijs is iets anders dan speciaal onderwijs. Het speciaal onderwijs is bedoeld voor kinderen die speciale begeleiding behoeven, zoals kinderen met een handicap of gedragsproblemen.